잉카제국의 유적 마추픽추를 찾은 후유키와 케로로 소대는 미로 같은 유적을 발견한다. 함정에 걸려 가까스로 탈출하지만, 집에 돌아간 그들은 케로로와 닮은 최강의 적 다크 케로로와 마주한다.