지구에서의 생활을 즐기던 케로로는 우연히 발견한 신비로운 사당에 놓여있던 단지를 깨트린다. 단지 안에 갇혀있던 케론별의 최종병기 키루루의 봉인이 풀리고, 이변이 일어나면서 사람들은 큰 혼란에 빠진다.