기계의 몸을 통해 수명이 수백 년 연장된 시대, 테츠로는 신비한 여인 메텔의 도움을 받아 은하철도 999에 오른다. 기계 인간으로 개조해 준다는 행성을 찾아 떠난 테츠로의 기나긴 여행이 펼쳐진다.