2010년의 제2차 관동대지진에 의해 도쿄는 폐허가 되어버렸지만, '게놈 코퍼레이션'이 개발한 인간형 안드로이드 '부머'에 의해 비약적인 부흥을 이루어냈다. 하지만 부흥한 도쿄는 게놈사의 경제독점에 의해 그야말로 '게놈 시티'라고 부를 상태가 되어버렸다. 그러는 와중, 부머가 고장에 의해 폭주하는 사건이 다발적으로 발생해 심각한 사회적 문제가 되어가고, 당국은 부머에 관계한 사건만을 전문적으로 처리하는 경찰기관 'AD 폴리스'를 설립한다. 한편, 쿠마모토에서 도쿄에 막 상경한 린나 야마자키는 첫 출근날에 부머의 폭주 사건에 휘말려버리고 만다. 위기의 순간, 린나를 구한 것은 매드 부머를 전문적으로 처리한다는 소문의 조직 '나이트 세이버즈'의 일원 프리스 S 아사기리였다. 동경하던 나이트 세이버즈의 관계자와 접촉할 찬스라 생각한 린나는 프리스를 미행해 나이트 세이버즈의 본부에 도달한다.