중립국 오브의 헬리오폴리스에서 평화로운 일상을 보내던 야마토는 세미나에서 자프트에 의한 건담 탈취 작전에 휘말린다. 그곳에서 자프트 군의 파일럿이 된 옛 친구 아스란과 재회한 야마토는 새로운 갈등을 마주한다.