코즈믹 이라(C.E.) 71년 6월 15일. 대서양 연방과 오브 연함수장국이 맞붙는 오노고로 섬 공방전 중 떨어진 포탄에 의해 부모님을 잃은 소년 신 아스카. 그는 자신의 무력함에 절망하고 플랜트의 자프트군에 입대한다. 전쟁이 끝난 2년후. 플랜트 최고 평의회 회장인 길버트 듀란달은 비공식 회담을 위해 전함 미네르바의 진수식이 거행되는 L4 아머리-1에 방문한다. 오브 연합수장국의 대표 카가리와 그의 보드가드 알렉스가 듀란달과 만났을 때, 플랜트의 신형 MS인 카오스, 가이아, 어비스가 누군가에게 강습당해 주변은 엉망이 된다. 이를 저지하기 위해 미네르바에서 신형 MS '임펄스'를 타고 출격하는 신 아스카. 하지만 결국 탈취는 저지하지 못하고, 신과 알렉스는 미네르바에 승선하여 탈취된 3대의 MS를 쫓기 시작한다.
