포켓몬 마스터를 꿈꾸는 레드는 라이벌 그린에게 지지 않기 위해 포켓몬 관장들과의 대결을 펼쳐나가고, 모험 도중 마주치는 악의 조직들과의 싸움을 이어나간다.