해수면 상승으로 서서히 바다에 잠겨가는 근미래, 사고로 한쪽 다리를 잃은 나츠키는 시골 마을로 이주한다. 해양학자였던 할머니의 유산을 찾으러 해저 창고로 향한 나츠키는 바닷속에 있던 휴머노이드 아트리를 만난다.