요괴를 보는 소년 나츠메 타카시는 외할머니 레이코의 '우인장' 때문에 요괴들에게 시달리다가, 경호원을 자청한 고양이 형상의 요괴 야옹 선생과 함께 요괴들과의 교류를 시작한다.