칼로스 지방에서 모험을 시작한 지우는 새로운 포켓몬과 동료들을 마주한다. 많은 시합을 경험하며 성장해나가던 지우는 이 세계의 최대 수수께끼인 '메가 진화'를 접하게 된다.