어느 날 중학생 마도카의 반에 호무라가 전학을 오고, 그녀는 마도카에게 마법소녀가 되면 안 된다고 경고한다. 그날 저녁, 수수께끼의 동물 큐베는 마법소녀가 되면 한가지 소원을 이루어준다는 이야기를 들려준다.