장군 로볼레옹이 이끄는 마젤란 제국은 은하계정복에 혈안이 올라있다. 그에 대항하는 은하연맹은 주행성인 엠페리어스를 중심으로 마젤란제국에 맞서지만 압도적인 전력차로 열세에 몰린다. 엠페리어스의 제1왕자인 잠손은 로볼레옹과 일기토를 벌이지만 패배하여 목숨을 잃고만다. 결국 마젤란을 쓰러뜨리기 위해서는 950년 주기로 엠페리어스에 접근하는 혜성 '마신의 별'을 이용해 수호신 '다이켄고'를 부활시키는 수 밖에 없었다. 엠페리어스의 제2왕자인 라이거는 자신이 다이켄고에 탑승하려하지만, 엠펠왕은 어째서인지 막내인 유가에게 파일럿을 임명한다. 라이거는 출발 당일 아버지의 명을 어기고 친구 클레오와 아니케 오토케와 함께 다이켄고를 타고 마젤란 제국으로 향한다. 그때 로볼레옹은 다이켄고를 넘기는 것을 조건으로 평화협정을 제안하지만, 라이가 왕자는 함정이라 생각하고 이를 단호히 거절한다. 이에 분노한 엠펠왕과 연맹은 라이가 왕자와 다이켄고를 적으로 규정한다. 마젤란도 연맹도 모두 적으로 돌린 라이가 왕자와 동료들은 힘겨운 싸움을 시작한다.