커뮤니케이션용 컴퓨터 네트워크 단말기 NAVI가 상용화된 시대. 중학생 이와쿠라 레인은 죽은 요모다 치사로부터 E메일을 한통 받게된다. 그리고 그날 이후, 레인은 '보이지 않는 것'들을 목격하게 된다. 치사로부터 온 E메일에 흥미를 가지고 대형 NAVI를 구한 레인은 더욱 더 기괴한 사건들에 휘말려드는데...