때는 1995년. 지구는 자르 성간제국의 급습을 받아 전멸의 위기에 놓여있었다. 타테 켄토, 히이라기 단지, 시라토리 사나에는 그로인해 폐허가 된 일본의 도심에서도 홀로 살아가고 있었다. 그들은 엘리오스의 충신이었던 알 박사와 우연히 알게되어 거대로봇 '아틀라우스'와 전투기 '건파'를 받게된다. 여기에 사자형의 로봇 '베라리오스'가 있다면 슈퍼로봇 '달타니어스'로 합체할 수 있지만, 의지를 가진 베라리오스는 어딘가 홀로 떨어져있었다. 켄토 일행은 자르 성간제국의 추격에 맞서며 세번째 메카인 베라리오스를 찾아나선다. 그리고 켄토는 자신이 지구인이 아니라 자르 성간제국에 의해 멸망한 엘리오스의 황자라는 사실을 알게 되는데...