호기심 가득한 돌연변이 닌자 거북이들이 영웅의 길을 찾아 나선다. 숙적 스플린터와 세계를 위협하는 외계인 군단에 대항하는 싸움을 시작하는 이들 앞에, 더욱 강력한 존재가 모습을 드러낸다.