이생물 가우나에 의해 멸망한 태양계, 살아남은 인류는 거대 우주선 시도니아에서 삶을 이어간다. 인간형 병기 모리토 조종사 훈련학교에 입학한 소년 나가테는 100년 만에 다시 나타난 가우나와 마주하게 된다.