행성 가니메데의 지배자 헤드론 황제가 지휘하는 콩기스터 군단이 지구를 침공해 95%의 영토를 점령해버렸다. 지구의 주요 에너지원인 원자력을 감지하면 곧바로 파괴해버리는 '오메가 미사일'을 장비한 감시 위성때문에 인류는 속수무책으로 당하고만 있었던 것이다. 한편, 콩기스터 군단의 점령을 피한 유일한 영토 일본에서 시키시마 박사는 야구장 형태의 모함 킹 다이아몬드와 전투로봇 메칸더 로봇을 만들어 지구를 되찾을 싸움을 시작한다.