평범한 남학생 쿈은 입학 첫날 독특한 자기소개를 하는 하루히의 앞자리에서 고교생활의 스타트를 끊는다. 하루히는 세상의 불가사의한 것들을 파헤치고 싶다며 ‘세상을 오지게 들썩이게 만들기 위한 스즈미야 하루히의 단체’를 약자로 한 SOS단을 만들고 단지 앞자리에 앉았다는 이유만으로 쿈을 창립멤버로 뽑는다. 불가사의하고 황당한 사건들을 찾아 다니고 직접 엉뚱한 일을 만들어 내는 것이 주요 활동인 SOS단. 쿈을 비롯해 단장 스즈미야의 독단에 억지로 가입하게 된 단원들도 하루히가 저지르는 사건들에 점점 즐거워 하는데…?