나츠메는 야옹 선생과 함께 할머니의 유품 우인장에 적힌 요괴들의 이름을 돌려주는 나날을 보낸다. 그는 새로운 만남과 인연만큼 늘어나는 소중한 것들을 지키기 위해 조금씩 용기를 내 또 다른 만남을 위해 나아간다.