우주세기 0079년, 스페이스 콜로니 사이드 3이 스스로를 지온 공국이라 칭하고 우주연방과 전쟁을 선포한다. 한편, 지온군의 포격으로부터 대피하던 아무로는 신형 모빌 수트의 매뉴얼을 발견한다.