검은 조직에 의해 약을 먹고 꼬마가 되어버린 고등학생 탐정 남도일. 코난으로 이름을 바꾼 그는 특별한 기구를 이용해 사립탐정 유명한의 몸을 빌려 각종 사건을 해결해가며 검은 조직의 발자취를 쫓는다.