지금도 여전히 존재하는 일본의 정예 닌자들은 국가의 통제를 받지 않고 극비리에 암살 활동을 진행한다. 한편, 일거리 없이 한가롭게 지내던 하급 닌자 쿠로 앞에 새로운 임무가 도착한다.