거대한 외계인과의 전쟁으로 멸망 위기에 처한 지구, 인류는 종의 존속을 위해 신세계를 찾아 떠난다. 그리고 2059년, 초장거리 이민 선단 마크로스 프론티어 앞에 갑자기 미지의 외계 생물이 등장한다.