마다가스카에 떨어진 뉴요커 4인방 알렉스, 마티, 멜먼, 글로리아. 펭귄 특공대가 제작한 비행기를 타고 뉴욕으로 돌아가던 그들은 또다시 야생 아프리카에 불시착하고 만다.