초고속 네트워크와 사이보그로 구성된 사회. 공각기동대라는 별칭으로 불리는 공안 9과의 에이스 쿠사나기는 국제수배 중인 정체불명의 해커 인형사를 제거하는 임무에 뛰어든다.