진실에 한걸음 가까워진 네오는 능력이 소진되어 매트릭스와 현실의 중간계를 떠돈다. 한편, 기계들은 시온으로 침공해오고 인간들은 미래를 지키기 위해 필사적인 전투를 벌인다.