슈렉과 피오나는 피오나의 부모님으로부터 초대를 받아 겁나 먼 왕국으로 여행을 떠난다. 그러나 슈렉의 모습을 본 사람들은 충격에서 헤어나지 못하고, 때를 틈타 신비한 힘의 요정 대모가 음모를 꾸미기 시작한다.