MIB 요원 제이는 외계인 셀리나가 조직에 잠입해 요원 중 일부와 손을 잡은 사실을 알게 된다. 이로 인해 지구가 은하계 전쟁에 휘말릴 위험에 처하자 제이는 은퇴한 요원 케이의 기억을 복구하려 노력한다.