숲에서 포켓몬 사냥꾼에게 쫓기던 셀레비를 만난 용호는 셀레비와 시간을 뛰어넘게 된다. 40년 후의 세계에 도착한 용호와 셀레비는 지우 일행을 만나게 되고, 한편 세계정복을 꿈꾸는 로켓단은 셀레비를 노린다.