유전자 조작으로 태어난 코디네이터와 자연 그대로 태어난 내츄럴을 둘러싼 이념의 충돌이 전쟁으로 치닫는다. 사태를 진정시키고자 세계 평화감시기구 컴퍼스가 창설되고, 키라와 부대원들은 일원이 되어 전투에 참여한다.