마다가스카 모험을 마치고 뉴욕으로 돌아가던 알렉스, 마티, 멜먼, 글로리아는 비행기 연료 부족으로 아프리카에 불시착한다. 극심한 가뭄이 찾아온 아프리카를 구하기 위해 4인방은 친구들과 다시 한번 힘을 모은다.