거대 산업 문명이 붕괴하고 천년 후, 변해버린 자연에 맞서 살아가는 나우시카와 마을 사람들. 어느 날 악명 높은 군사국의 대형 비행선이 거대 곤충들에게 습격당하고, 그들이 살고 있는 바람계곡으로 추락한다.