USS 엔터프라이즈호의 함장으로 돌아온 제임스 커크. 그러나 세계는 테러의 위협에 빠지고, 스타플릿의 최정예 대원이었던 존이 주동자임이 밝혀지며 혼란에 휩싸이기 시작한다.