자신의 정체를 숨기고 지구를 노리는 외계인을 감시하는 MIB 본부에 신입요원 에이전트 M이 영입된다. 그는 에이스 요원 에이전트 H와 함께 MIB 내부의 스파이를 찾으라는 미션을 받는다.