마틸다는 태어날 때부터 남다른 천재성을 가졌지만, 무관심한 부모에 의해 이상한 학교에 입학하게 된다. 총명한 머리와 초능력으로 마틸다는 친구들과 함께 교장선생님을 학교에서 쫓아낼 궁리를 하기 시작한다.