포켓몬 콘테스트에 참가하기 위해 아라모스 마을에 도착한 지우 일행. 시공의 탑과 정원을 둘러보던 그들은 환상의 포켓몬 다크라이에 대해 듣게 되고, 이후 그림자 속에서 다크라이가 모습을 드러내기 시작한다.