알에서 태어난 데이지는 대학생이 되어 공룡 유적지를 발굴하던 중 공룡 진화 족이 사는 지하 세계 폭군 쿠파 왕과 부하들에게 납치된다. 배관공 마리오 형제는 데이지를 구하기 위해 길을 나선다.