2008년 7월, 지구에서 핵무기를 능가하는 초자력무기를 이용한 대규모 전쟁이 일어나 5개의 대륙 대다수가 바다에 가라앉고 문명도 멸망하고 인류는 소수만이 살아남는다. 그 중 우주선으로 지구를 탈출하려다가 불시착한 소수가 살아가는 '홀로 남은 섬' 에서 소년 코난은 할아버지와 함께 평화롭게 살아가고 있었다. 그러던 어느날, 바다에서 낯선 소녀 '라나' 가 떠내려온다. 라나는 태양에너지의 권위자 '라오 박사' 의 손녀였는데 그 때문에 '인더스트리아' 의 비행선이 라나를 추격해서 홀로 남은 섬에 나타나고 코난의 할아버지는 라나와 코난을 지키려고 하다가 불발탄이 터져서 사망하고 라나도 납치된다. 그리고 코난은 라나를 구출하기 위해 배를 만들어 홀로 남은 섬을 떠나 여행을 시작한다.
※ TV애니메이션판을 편집해서 나온 버전으로 결말이 다르며, 미야자키 하야오는 참여하지않았다.
