지하 세계에서 할아버지와 단둘이 살아가던 나가테는 지상 세계에 쌀을 훔치러 갔다가 붙잡힌 후 시도니아의 함장에게 우주병기 모리토의 조종사가 되어달라는 부탁을 받는다.