먼 옛날 미케나 마을 사람들을 구한 포켓몬 아르세우스는 믿었던 다모스에게 배신당하자, 마을을 파괴하기 시작한다. 한순간에 아수라장으로 변한 마을을 구하기 위해 지우와 피카츄는 시공간을 초월한 모험을 떠난다.