미사토가 이끄는 반네르프 조직 빌레는 코어화로 오염된 파리를 정화하려 하고, 네르프는 이를 방해하기 위해 접근한다. 한편, 신지, 아스카, 레이는 일본의 대지를 떠돌다 생존자 마을에 도착한다.