정체불명의 초거대 우주선이 도쿄 상공에 출현하자, 인류는 위기에 봉착한다. 한편, 평범한 일상에 무료함을 느끼던 고등학생 카도데와 오우란은 학교에서 외계 침략자의 모함을 맞닥뜨린다.