일본 하네다 앞바다, 정체불명의 괴수 고질라가 출현하고 일본은 초토화된다. 사람들은 인류의 생존을 위협하는 대재앙을 상대로 불가능한 희망을 찾으며 최후의 반격을 시작한다.