부모 잃은 4마리의 거북이들과 늙은 쥐 한 마리는 방사능으로 인해 사람의 형태와 지능을 갖게 된다. 닌자 거북이들은 범죄를 조사 중이던 기자 에이프릴을 구해주고, 이를 계기로 그들은 친구가 된다.