네르프 총사령관 겐도는 인류 보완 계획을 놓고 제레와 갈등을 벌인다. 한편, 카오루의 죽음으로 공황 상태에 빠진 신지는 미사토의 도움으로 초호기에 오르지만, 인류의 운명을 결정해야 할 상황에 놓인다.