현실 세계와 붙어있는 반전 세계를 지배하는 기라티나가 디아루가를 상대로 전투를 시작한다. 한편, 여행 중인 지우와 피카츄 일행 앞에 지금까지 한 번도 보지 못한 포켓몬 쉐이미가 나타난다.