인류는 지구를 파괴한 가우나로부터 우주선 시도니아로 겨우 피신한다. 백 년 만에 다시 나타난 가우나를 츠무기와 나가테의 활약으로 물리치지만, 시도니아의 함장은 가우나와의 최종전을 위해 중대한 결심을 내린다.