202X년, 경제적ㆍ군사적으로 초강대국이 된 동아시아공화국에서 쿠데타가 발생. 군부출신의 타타가타를 황제로 하는 고돔 제국이 탄생했다. 여기서는 어떤 무역회사의 수수께끼 같은 여사장 장 레이카가 지구에서는 못 만드는 비밀기술을 제공함으로 해서 압도적인 군사력을 손에 넣고, 주변 국가들을 차례로 점령해갔다. 일본도 맥이 빠지게 점령되어버렸고, 미국이나 UN에서도 아무런 대책이 없는 상태였다. 그러한 가운데 유일하게, 고돔 제국에 저항하는 존재로써 국제 비밀결사 “헤르메스 윙즈”가 있었다. 그 멤버인 쇼는 “신비한 능력”을 가진 젊은이로써 고돔 제국과 대결하게 되는데…