자신이 세상에서 가장 무서운 해적이라 믿는 꼬마 샤키. 나침반과 선원을 구하기 위해 홈포트섬으로 향하던 중에 친구들을 만나고, 해군 제독과 무자비한 해적들에게 쫓기기 시작한다.