様々な困難を乗り越え、ついにフィオナ姫（声：キャメロン・ディアス）と結ばれたシュレック（マイク・マイヤーズ）は幸せな生活を送っていた。ところが遠い遠い王国で病に伏せるハロルド国王（ジョン・クリーズ）の体調が思わしくなく、仕方なくシュレックたちは国務を代理で務めることに。行事にもうんざりしてきたところ、ハロルド国王が逝去してしまう。次の国王になるのはフィオナ姫の夫であるシュレックだが、シュレックにその意思はない。そこでもうひとりの王位後継者だというアーサー（ジャスティン・ティンバーレイク）を探しに、ロバのドンキー（エディ・マーフィー）と長ぐつをはいた猫（アントニオ・バンデラス）と旅に出ることにする。その上、フィオナのお腹の中にはシュレックとの待望のベビーがいることも判明する。一方、チャーミング王子（ルパート・エヴェレット）も王位が諦められず、悪の軍団を組織して王国乗っ取り作戦を開始する。果たしてシュレックはアーサーを無事に連れてくることができるのだろうか？ そして、遠い遠い国の王位をめぐる戦いは、いったいどうなってしまうのだろうか？
